Comuna Cetate este situată în partea de sud-vest a României, în regiunea istorică Oltenia, făcând parte din județul Dolj. Localitatea se află în vestul județului, pe malul fluviului Dunărea, în zona de luncă, cu un relief predominant de câmpie și terase dunărene.
Teritoriul administrativ al comunei are o suprafață de aproximativ 86,8 km² și este alcătuit din două sate: Cetate (reședința) și Moreni. Altitudinea medie este de circa 81 m deasupra nivelului mării.
Comuna Cetate se află la o distanță de aproximativ 90 km de municipiul Craiova și la 20 km de orașul Calafat, având o poziție strategică pe cursul inferior al Dunării, cu deschidere către granița cu Bulgaria.